Был женат, но детей не имел; согласно его «Краткому житию» в официальном издании Московского Патриархата, супруги «приняли на себя подвиг девства». Его супруга — Елизавета — дочь протоиерея кронштадтского Андреевского собора Константина Несвицкого. Первое официально составленное (по благословению священноначалия Русской Зарубежной Церкви) «Житие» (1964) говорило, что «брак о. Иоанна <…> был только фиктивный, нужный ему для прикрытия его самоотверженных пастырских подвигов».

Супруги воспитывали, как своих детей, двух дочерей сестры Елизаветы Константиновны, Анны — Елизавету и Руфину. Последняя впоследствии вышла замуж за мичмана Николая Николаевича Шемякина, получив от о. Иоанна в приданое 6.000 рублей золотом. Руфина Шемякина записала проповеди последних лет жизни о. Иоанна и в 1909 году издала 2 книги о своих дяде и тёте.
В конце жизни Елизавета Константиновна (супруга о. Иоанна) перенесла тяжелую операцию, после которой лишилась ног. Скончалась 22 мая 1909 года, отпевал её епископ Гдовский Кирилл (Смирнов), похоронена в ограде Андреевского собора.
Хотел принять монашество и поступить в миссионеры, чтобы проповедывать христианство народам Сибири и Америки. Но увидев, что жители столицы «знают Христа не больше, чем дикари какой-нибудь Патагонии», он решил остаться здесь. После рукоположения был направлен в Кронштадт — место административной высылки ассоциальных личностей и многочисленных нищих и чернорабочих. В Кронштадте о. Иоанн «стал посещать лачуги, землянки и бедные квартиры. Он утешал брошенных матерей, нянчил их детей, пока мать стирала; помогал деньгами; вразумлял и увещевал пьяниц; раздавал все свое жалованье бедным, а когда не оставалось денег, отдавал свою рясу, сапоги и сам босой возвращался домой в церковный дом». Это привело даже к тому, что одно время его жалование выдавалось не ему, а его жене.
10 декабря 1855 года в кафедральном соборе Петра и Павла в Санкт-Петербурге епископом Ревельским Христофором (Эмаусским), викарием Санкт-Петербургской митрополии, был посвящен во диакона, а через день, 12 декабря, хиротонисан во иерея к Андреевскому собору Кронштадта, в котором и прослужил 53 года, до самой кончины.
С 1857 года — законоучитель Кронштадтского городского училища; с 1862 года преподавал Закон Божий в местной классической гимназии — в течение последующих 25 лет.
С 1875 года — протоиерей; c 1894 года — настоятель Андреевского собора; c 1899 года — митрофорный протоиерей.
С самого начала своего служения занимался частной благотворительностью, с 1880-х расширил её: основал «Дом трудолюбия» (работный дом с мастерскими), школу для бедных, женскую богадельню, детский приют. Богослужения в приходах Петербурга, совершаемые им по приглашению купечества, временами вызывали трения с местным духовенством, а также недовольство петербургского митрополита Исидора (Никольского).
Вопреки принятой тогда в Российской Церкви практике, ввёл общую исповедь (в таинстве покаяния), призывал к частому приобщению Святых Таин (в России того времени распространено было обыкновение приобщаться дважды или даже единожды в год, великим постом).
Состоял почётным членом в Свято-Князь-Владимирском братстве.
Далее речь пойдёт о книге «Начало и конец нашего земного мира. Опыт раскрытия пророчеств Апокалипсиса». Это достаточно объемное сочинение до революции издавалось в столице анонимно четыре раза. Современными издателями оно приписано святому праведному Иоанну Кронштадтскому. Ряд исследователей с этим не согласен. на основании того, что о. Иоанн в одной из дневниковых записей признается: когда он прочел случайно попавшуюся книгу «Начало и конец нашего земного мира», то она ему понравилась. И даже посетовал, что не сам написал такую.
По версии этих исследователей создателем указанного выше труда был иеромонах Оптиной пустыни Пантелеимон, достаточно известный духовный писатель и не менее именитый переводчик (перевел 3-й том творений Симеона Нового Богослова, его гимны). Свой опыт раскрытия Апокалипсиса он издал и открыто, с указанием полного своего монашеского имени, как единственный автор. Книга выпущена в Одессе издателем Е.И. Фесенко в 1903 году.